第一依據(jù)的法律不同。軟件的著作權(quán)保護(hù)依據(jù)《著作權(quán)法》和《計(jì)算機(jī)軟件保護(hù)條例》。軟件專利的保護(hù)依據(jù)《專利法》；
第二保護(hù)原則不同。軟件著作權(quán)是在軟件創(chuàng)作完成后自動(dòng)產(chǎn)生的，也是自愿進(jìn)行軟件著作權(quán)登記。主要用于聲明著作權(quán)權(quán)屬，同時(shí)使后續(xù)維權(quán)時(shí)的證據(jù)力度更大。軟件專利則必須向?qū)＠痔岢錾暾?qǐng)才能獲得保護(hù)，因此必須要積極申請(qǐng)，且專利制度也是以“用公開(kāi)換保護(hù)”為原則；
第三保護(hù)客體不同。軟件著作權(quán)申請(qǐng)?zhí)峤坏馁Y料，是源代碼及用戶操作手冊(cè)。其保護(hù)的是表現(xiàn)形式，不保護(hù)思想。而軟件專利則不同，它可以對(duì)軟件的設(shè)計(jì)思想進(jìn)行保護(hù)。申請(qǐng)軟件專利時(shí)，要對(duì)軟件的構(gòu)思進(jìn)行詳細(xì)描述，不需要說(shuō)明該款軟件采用什么語(yǔ)言編寫(xiě)。一旦成功授權(quán)，只要他人采用該構(gòu)思，就有可能構(gòu)成侵權(quán)。所以，軟件專利的保護(hù)力度比軟件著作權(quán)要大得多。

（1）用以工業(yè)過(guò)程控制的涉及到計(jì)算機(jī)程序。假如軟件專利申請(qǐng)，是將一個(gè)計(jì)算機(jī)程序輸入給公知的電子計(jì)算機(jī)，進(jìn)而建立一種計(jì)算機(jī)控制的裝置，或是計(jì)算機(jī)控制的生產(chǎn)方式。在這類(lèi)狀況下，將計(jì)算機(jī)程序與計(jì)算機(jī)硬件做為一種整體來(lái)考慮，它們一起產(chǎn)生了用以工業(yè)過(guò)程控制的生產(chǎn)裝置或生產(chǎn)方式，可以申請(qǐng)專利。
（2）解決外部數(shù)據(jù)的軟件。假如專利申請(qǐng)的主題是運(yùn)用，在公知電子計(jì)算機(jī)上運(yùn)作的計(jì)算機(jī)程序?qū)ν饨鐢?shù)據(jù)進(jìn)行解決，以解決某些實(shí)際的技術(shù)性難題，那就可以申請(qǐng)專利。
（3）涉及到電子計(jì)算機(jī)內(nèi)部運(yùn)作性能改進(jìn)的軟件。這類(lèi)專利發(fā)明因?yàn)楦倪M(jìn)了公知計(jì)算機(jī)系統(tǒng)的內(nèi)部運(yùn)作性能，而獲得了技術(shù)性實(shí)際效果，可以申請(qǐng)專利。
（4）可以精確測(cè)量或是測(cè)試過(guò)程控制的軟件。這類(lèi)專利發(fā)明申請(qǐng)辦理要解決的是技術(shù)性難題，并可以得到技術(shù)性實(shí)際效果，因此這類(lèi)專利發(fā)明申請(qǐng)辦理歸屬于可予以專利保護(hù)的客體，可以申請(qǐng)專利。