根據(jù)《合同法》第325條的規(guī)定，專利使用費的支付方式由當(dāng)事人約定，可以采取一次總算、一次總付或者一次總算、分期支付，也可以采取提成支付或者提成支付附加預(yù)付入門費的方式。
總算和提成費兩種方式各有優(yōu)缺?？偹愕姆绞?，專利權(quán)人得到款項早，風(fēng)險較小，但有可能需要繳納的稅多些，而且如果以后產(chǎn)品的銷路好，專利權(quán)人就得不到額外的好處。當(dāng)然，如果以后產(chǎn)品達不到預(yù)期的銷售額，這種方式就會給被許可人帶來風(fēng)險。
如果提成費是分期支付的，則被許可人承擔(dān)的風(fēng)險比較小，但是如果以后產(chǎn)品的銷售情況非常好，則專利權(quán)人就可以獲得較高的提成費。在許多情況下，專利使用費是采用入門費和提成費結(jié)合的方式支付的。

申請人多繳、錯繳或者重繳專利費用的，在繳費之日起一年內(nèi)向?qū)＠痔岢龅模?jīng)專利局核實后應(yīng)當(dāng)退款。
超過一年以后提出的，一般不再予以退款。申請人繳納了某種程序的費用，但事實上該程序未啟動的，也可以請求退款。例如，申請人繳納實質(zhì)審查請求費以后，在實質(zhì)審查以前已經(jīng)撤回申請或申請被視為撤回的，可以請求退回實審費。
但是，因為繳納申請費不足，申請被視為撤回的，不得要求退還已經(jīng)繳納的部分申請費。因為申請程序已經(jīng)從受理開始，申請被受理后也獲得了作為外國優(yōu)先權(quán)和本國優(yōu)先權(quán)基礎(chǔ)的權(quán)利以及其它權(quán)利，而且申請程序也在申請被視為撤回時終結(jié)。辦理各種沒有期限要求的手續(xù)，若手續(xù)被視為未提出的，除著錄項目變更手續(xù)費以外，其它手續(xù)費可以要求退還。

向?qū)＠质芾硖幓蛘邔＠k處面交申請文件的，可以在取得受理通知書以后，當(dāng)時繳納申請費。通過郵寄方式提交申請的，應(yīng)當(dāng)在收到受理通知書以后再繳納申請費，但是繳納申請費的日期最遲不得超過自申請日起2個月。

向?qū)＠质召M處面交申請費或其他費用的，面交日即為繳費日。向?qū)＠质召M處匯付費用的，若匯付方式符合有關(guān)規(guī)定的，以銀行或郵局的實際匯出日為繳費日。但是，自匯出日至專利局收到日超過15天的，除郵局、銀行出具證明提供證據(jù)的以外，以專利局收到日為繳費日。