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目前,核酸酶是生物學(xué)、化學(xué)和醫(yī)學(xué)研究中被廣泛使用的工具。它們被廣泛應(yīng)用于生物傳感器、基因編輯技術(shù)和新藥物的研制上。不同的核酸酶具有不同的切割特性,對(duì)應(yīng)的底物也各不相同。在實(shí)際應(yīng)用的層面,目前對(duì)核酸酶的應(yīng)用都是基于其可以預(yù)測(cè)的工作機(jī)制。例如,我們通常希望Endo IV能夠穩(wěn)定且專一地切割具有空位的DNA雙鏈。然而,核酸酶容易受到體系中其他核酸鏈的干擾,其切割特性并不穩(wěn)定。尤其是對(duì)于以雙鏈DNA為靶目標(biāo)鏈的核酸酶,它們經(jīng)常非特異性地切割核酸單鏈。這一現(xiàn)象往往導(dǎo)致意料之外的串?dāng)_,對(duì)核酸酶在各個(gè)領(lǐng)域的應(yīng)用形成很大的限制。
在酶-核酸探針領(lǐng)域,廣泛使用的lambda exonuclease,APE1和Endo IV均易發(fā)生預(yù)料之外的非特異酶切現(xiàn)象,嚴(yán)重限制了酶-探針檢測(cè)體系的實(shí)際應(yīng)用。因?yàn)樵诿?探針檢測(cè)體系中,不與野生鏈結(jié)合的核酸探針以單鏈的形式大量存在。如果核酸酶切割單鏈核酸探針,熒光信號(hào)就會(huì)作為背景信號(hào)大量產(chǎn)生,導(dǎo)致突變鏈和野生鏈之間的區(qū)分度減少甚至消失。這對(duì)于一個(gè)檢測(cè)體系來說是不可接受的。針對(duì)這一問題,目前并沒有簡明有效的方法。
通過上述分析,現(xiàn)有技術(shù)存在的問題及缺陷為:(1)核酸酶切割單鏈的現(xiàn)象普遍存在且嚴(yán)重干擾酶-核酸探針體系的正常工作,降低檢測(cè)效能;(2)該現(xiàn)象難以預(yù)測(cè),目前的方法只能是盲目的優(yōu)化探針序列以盡可能地避免核酸酶對(duì)單鏈探針的自切割,導(dǎo)致成本極高。
解決以上問題及缺陷的難度為:核酸酶在DNA雙鏈和DNA單鏈上的分配機(jī)理尚不明確。抑制核酸酶副活性的同時(shí)需要保持核酸酶主活性不受影響。
解決以上問題及缺陷的意義為:提供了一種全新的抑制核酸酶副活性的方法,擴(kuò)大了核酸酶的應(yīng)用范圍;保證酶-探針體系正常工作,使檢測(cè)效能保持穩(wěn)定;避免當(dāng)前方法中盲目優(yōu)化探針序列的環(huán)節(jié),降低了成本。
為了解決現(xiàn)有技術(shù)存在的問題,本發(fā)明提供了一種對(duì)核酸酶活性進(jìn)行特異性調(diào)控的方法。可應(yīng)用于核酸信號(hào)放大、單核苷酸多態(tài)性(SNP)分型以及低豐度點(diǎn)突變檢測(cè)等技術(shù)領(lǐng)域。
本發(fā)明是這樣實(shí)現(xiàn)的,一種對(duì)核酸酶活性進(jìn)行特異性調(diào)控的方法,在抑制核酸酶副活性的同時(shí)不影響核酸酶主活性,保證酶-探針體系正常工作,使檢測(cè)效能保持穩(wěn)定,包括:
步驟一,對(duì)不同突變位點(diǎn)的基因序列,設(shè)計(jì)相應(yīng)的Guiding鏈;
步驟二,合成制備所需的Guiding鏈;
步驟三,將Guiding鏈與探針檢測(cè)體系混合,使Guiding鏈與底物鏈的比例為2:1;
步驟四,向上述混合體系加入Endo IV,使底物鏈轉(zhuǎn)化為長度更長的DNA雙鏈,并進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光測(cè)定。
步驟一設(shè)計(jì)Guiding鏈的方法包括:
步驟1,確定底物鏈的探針雜交域,所述底物鏈為待檢測(cè)的目標(biāo)序列;
步驟2,設(shè)計(jì)兩條DNA單鏈,所述DNA單鏈為Guiding鏈,使兩條Guiding鏈其與底物鏈的探針雜交結(jié)構(gòu)域外的部分互補(bǔ),一起構(gòu)成核酸酶優(yōu)先結(jié)合的長雙鏈結(jié)構(gòu)。
本發(fā)明所具備的優(yōu)點(diǎn)如下:
本發(fā)明提供了一種全新的抑制核酸酶副活性的方法,擴(kuò)大了核酸酶的應(yīng)用范圍;在抑制核酸酶副活性的同時(shí)不影響核酸酶主活性,保證酶-探針體系正常工作,使檢測(cè)效能保持穩(wěn)定;避免當(dāng)前現(xiàn)有方法中因核酸酶副活性導(dǎo)致的盲目優(yōu)化探針序列的環(huán)節(jié),降低了成本。
本發(fā)明針對(duì)不同突變位點(diǎn)的基因序列,按上述原則設(shè)計(jì)相應(yīng)的Guiding鏈;合成制備所需的Guiding鏈;將Guiding鏈與探針檢測(cè)體系混合,使Guiding鏈與底物鏈的比例為2:1;向上述混合體系加入Endo IV,立即進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光測(cè)定,由于底物鏈已被轉(zhuǎn)化為長度更長的DNA雙鏈,核酸酶副活性被抑制;涉及的調(diào)控內(nèi)切酶IV(Endo IV)/APE-1/lambda外切酶(lambda exo)活性,降低了由于核酸酶副活性而產(chǎn)生的背景信號(hào),同時(shí)最大程度的保留核酸酶切割目標(biāo)序列的主活性,從而提高檢測(cè)效能。
序號(hào) | 專利號(hào) | 專利名稱 | 專利類型 | 專利狀態(tài) | 其他資料 |
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1 |
一種對(duì)核酸酶活性進(jìn)行特異性調(diào)控的方法 |
發(fā)明專利 |
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